Okulumuz 1977–1978 Eğitim Öğretim yılında Taşköprü Lisesi, bugünkü Atatürk İlköğretim Okulunun bir bölümünde Eğitim ve Öğretime başlamış 7 yıl değişik bölümlerinde Eğitim ve Öğretime devam etmiştir. Taşköprü İmam Hatip Lisesi Yaptırma ve Yaşatma Derneği tarafından satın alınan arsa üzerine 1983 yılında bugünkü Okulumuz binasının temeli atılmış 1984–1985 Eğitim-Öğretim yılından itibaren Kendi binasında eğitime başlamıştır. 

        1988 yılından itibaren yatılı bölümü Okulumuzun 3. katında faaliyete başlamıştır. 1987 yılında Okul binasının bitişiğinde yapılan Yemekhane ve Mutfak bölümünde Okul Bünyesindeki Yurtla birlikte faaliyet geçmiş bu hizmetler 1992 yılından bu tarafa Halen Devlet Parasız yatılı olarak devam etmektedir. Okulumuz İlk Mezunlarını 1984 yılında vermiştir.

Okulumuz 2021-2022 Eğitim ve Öğretim yılı itibariyle Fen ve Sosyal Bilimler Proje Okul kapsamına alınmıştır.